Xcode 5においてコマンドラインのappiumサーバを起動し、シミュレータを起動・実行しようとすると、instrumentのエラーが確認されるようです。(Appium 0.13.0にて確認)
https://github.com/appium/appium/blob/master/docs/server-args.md
のドキュメントによると、
--native-instruments-lib
の項目に、
「(IOS-only) IOS has a weird built-in unavoidable delay. We patch this in appium. If you do not want it patched, pass in this flag.」
と記載がありました。
どうやら、appiumにビルドインされた、カスタムinstrumentは、0.13.0の時にはまだXcode5対応していないそうです。
その場合、
$ appium --native-instruments-lib=true
としてappiumサーバを起動しますと、Mac OS X側のinstrumentを使うので、シミュレータを問題なく起動・実行することができます。
ただし、この場合はシミュレータ起動が遅かったりします。